A eleição municipal de Paulo Afonso-Bahia em 2016 foi realizada para eleger um prefeito, um vice-prefeito e 15 vereadores no município. Foram eleitos Luiz Barbosa de Deus (Partido Social Democrático) e Flávio Henrique Magalhães Lima para os cargos de prefeito e vice-prefeito, respectivamente.
Seguindo a Constituição, os candidatos foram eleitos para um mandato de quatro anos com início em 1º de janeiro de 2017 a 31 de dezembro de 2020. A decisão para os cargos da administração municipal, segundo o Tribunal Superior Eleitoral, contou com 79 759 eleitores aptos e 17 405 abstenções, de forma que 21.82% do eleitorado não compareceu às urnas naquele turno.
A eleição municipal para prefeito de Paulo Afonso contou com 3 candidatos em 2016:
Paulo Barbosa de Deus do Movimento Democrático Brasileiro – 21 714 votos – Coligação – De Novo o Governo do Povo – Percentual – 38.39% – Vice -Osildo Alves da Silva.
Raimundo Caires Rocha do Partido Socialista Brasileiro – 10 358 votos – Coligação – A Força Séria do Trabalho – Percentual – 18.31% – Vice – Celso Brito Miranda.
Luiz Barbosa de Deus do Partido Social Democrático – 24 484 votos – Coligação – Paulo Afonso em Boas Mãos – 43.29% – Vice – Flávio Henrique Magalhães Lima.
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